Fundatorką budowli (obecnie ul. Nowolipki 18)była Aleksandra Potocka, która w ten sposób chciała upamiętnić zmarłego męża – Augusta Potockiego. Pod budowę kościoła zakupiła sąsiadujące działki tak, aby świątynia mogła stać frontem do Nowolipiek.  Kościół powstał w 1896 r. w stylu neoromańskim, według projektu Edwarda Cichockiego i Józefa Hussa. Pierwszą mszę św. w nowym kościele odprawił arcybiskup Popiel, a ks. kanonik Ignacy Durewicz poświęcił świątynię.

Kościół  została wybudowany z czerwonej cegły klinkierowej z kamiennymi detalami architektonicznymi. Budowla posiada trójnawowy korpus w układzie bazylikowym i pięciobocznie zamknięte prezbiterium. Górną kondygnację elewacji zdobi duża rozeta. Neoromańska wieża, niegdyś najwyższa w Warszawie (70 m), zwieńczona jest 5,1 m krzyżem umieszczonym na kuli o średnicy 1,35 m.

Od listopada 1940 r. kościół znajdował się na terenie getta i podczas jego likwidacji w 1943 r. służył jako magazyn zrabowanego mienia żydowskiego, a także stajnia. Podczas Powstania Warszawskiego wysoka na 70 m wieża służyła jako punkt obserwacyjny i stanowisko strzeleckie dla Niemców. Po wojnie, kościół długo górował nad ruinami zburzonej dzielnicy.